Approach to Unity Folder Structure
Below is an example of my project structure inside Assets (where I keep everything). It was generated using tree on my Argon Assault project. I find this keeps my project easy to navigate through.
├───Assets
│ ├───Asset Packs
│ │ ├───Autarca
│ │ │ └───AlienShipsPack
│ │ │ ├───Materials
│ │ │ ├───Meshes
│ │ │ ├───Prefabs
│ │ │ └───Textures
│ │ ├───Particles
│ │ ├───Rock Textures
│ │ ├───Samples
│ │ │ └───Terrain Tools
│ │ │ └───0.1.0-preview
│ │ │ └───Terrain Assets
│ │ │ ├───BrushTextures
│ │ │ ├───TerrainBrushes
│ │ │ ├───TerrainLayers
│ │ │ └───TerrainTextures
│ │ ├───SampleScenes
│ │ │ ├───AudioMixers
│ │ │ ├───Materials
│ │ │ ├───Menu
│ │ │ │ ├───Prefabs
│ │ │ │ ├───Scripts
│ │ │ │ └───Sprites
│ │ │ ├───Models
│ │ │ │ └───Materials
│ │ │ ├───Navmesh
│ │ │ ├───Prefabs
│ │ │ ├───Scenes
│ │ │ │ └───CharacterThirdPersonAI
│ │ │ ├───Scripts
│ │ │ ├───Shaders
│ │ │ └───Textures
│ │ ├───SkyBox Volume 2
│ │ │ ├───DeepSpaceBlue
│ │ │ ├───DeepSpaceBlueWithPlanet
│ │ │ ├───DeepSpaceGreen
│ │ │ ├───DeepSpaceGreenWithPlanet
│ │ │ ├───DeepSpaceRed
│ │ │ ├───DeepsSpaceRedWithPlanet
│ │ │ └───Stars01
│ │ ├───Standard Assets
│ │ │ ├───2D
│ │ │ │ ├───Animations
│ │ │ │ ├───Animator
│ │ │ │ ├───Materials
│ │ │ │ ├───PhysicsMaterials
│ │ │ │ ├───Prefabs
│ │ │ │ ├───Scripts
│ │ │ │ └───Sprites
│ │ │ ├───Cameras
│ │ │ │ ├───Prefabs
│ │ │ │ └───Scripts
│ │ │ ├───Characters
│ │ │ │ ├───FirstPersonCharacter
│ │ │ │ │ ├───Audio
│ │ │ │ │ ├───Prefabs
│ │ │ │ │ └───Scripts
│ │ │ │ ├───RollerBall
│ │ │ │ │ ├───Materials
│ │ │ │ │ ├───Models
│ │ │ │ │ ├───Prefabs
│ │ │ │ │ ├───Scripts
│ │ │ │ │ └───Textures
│ │ │ │ └───ThirdPersonCharacter
│ │ │ │ ├───Animation
│ │ │ │ ├───Animator
│ │ │ │ ├───Materials
│ │ │ │ ├───Models
│ │ │ │ ├───Prefabs
│ │ │ │ ├───Scripts
│ │ │ │ └───Textures
│ │ │ ├───CrossPlatformInput
│ │ │ │ ├───Prefabs
│ │ │ │ ├───Scripts
│ │ │ │ │ └───PlatformSpecific
│ │ │ │ └───Sprites
│ │ │ ├───Editor
│ │ │ │ ├───CrossPlatformInput
│ │ │ │ └───Water
│ │ │ │ └───Water4
│ │ │ ├───Effects
│ │ │ │ ├───GlassRefraction
│ │ │ │ │ ├───Materials
│ │ │ │ │ ├───Shaders
│ │ │ │ │ └───Textures
│ │ │ │ ├───ImageEffects
│ │ │ │ ├───LightCookies
│ │ │ │ │ └───Textures
│ │ │ │ ├───LightFlares
│ │ │ │ │ ├───Flares
│ │ │ │ │ ├───Materials
│ │ │ │ │ └───Textures
│ │ │ │ ├───Projectors
│ │ │ │ │ ├───Materials
│ │ │ │ │ ├───Prefabs
│ │ │ │ │ ├───Shaders
│ │ │ │ │ └───Textures
│ │ │ │ ├───TessellationShaders
│ │ │ │ │ ├───Materials
│ │ │ │ │ ├───Models
│ │ │ │ │ ├───Scenes
│ │ │ │ │ ├───Shaders
│ │ │ │ │ └───Textures
│ │ │ │ └───ToonShading
│ │ │ │ ├───Materials
│ │ │ │ ├───Shaders
│ │ │ │ └───Textures
│ │ │ ├───Environment
│ │ │ │ ├───SpeedTree
│ │ │ │ │ ├───Broadleaf
│ │ │ │ │ │ ├───Broadleaf_Desktop Materials
│ │ │ │ │ │ │ ├───LOD0
│ │ │ │ │ │ │ ├───LOD1
│ │ │ │ │ │ │ └───LOD2
│ │ │ │ │ │ └───Broadleaf_Mobile Materials
│ │ │ │ │ │ ├───LOD0
│ │ │ │ │ │ ├───LOD1
│ │ │ │ │ │ └───LOD2
│ │ │ │ │ ├───Conifer
│ │ │ │ │ │ └───Conifer_Desktop Materials
│ │ │ │ │ │ ├───LOD0
│ │ │ │ │ │ ├───LOD1
│ │ │ │ │ │ └───LOD2
│ │ │ │ │ └───Palm
│ │ │ │ │ └───Palm_Desktop Materials
│ │ │ │ │ ├───LOD0
│ │ │ │ │ ├───LOD1
│ │ │ │ │ └───LOD2
│ │ │ │ ├───TerrainAssets
│ │ │ │ │ ├───BillboardTextures
│ │ │ │ │ └───SurfaceTextures
│ │ │ │ ├───Water
│ │ │ │ │ ├───Water
│ │ │ │ │ │ ├───Materials
│ │ │ │ │ │ ├───Models
│ │ │ │ │ │ ├───Prefabs
│ │ │ │ │ │ ├───Scripts
│ │ │ │ │ │ ├───Shaders
│ │ │ │ │ │ └───Textures
│ │ │ │ │ └───Water4
│ │ │ │ │ ├───Materials
│ │ │ │ │ ├───Models
│ │ │ │ │ ├───Prefabs
│ │ │ │ │ ├───Shaders
│ │ │ │ │ └───Textures
│ │ │ │ └───Water (Basic)
│ │ │ │ ├───Materials
│ │ │ │ ├───Models
│ │ │ │ ├───Prefabs
│ │ │ │ ├───Scripts
│ │ │ │ ├───Shaders
│ │ │ │ └───Textures
│ │ │ ├───Fonts
│ │ │ │ └───OpenSans
│ │ │ ├───ParticleSystems
│ │ │ │ ├───Materials
│ │ │ │ ├───Prefabs
│ │ │ │ ├───Scripts
│ │ │ │ ├───Shaders
│ │ │ │ └───Textures
│ │ │ ├───PhysicsMaterials
│ │ │ ├───Prototyping
│ │ │ │ ├───Materials
│ │ │ │ ├───Models
│ │ │ │ ├───Prefabs
│ │ │ │ ├───Shaders
│ │ │ │ └───Textures
│ │ │ ├───Utility
│ │ │ │ └───Prefabs
│ │ │ └───Vehicles
│ │ │ ├───Aircraft
│ │ │ │ ├───Animation
│ │ │ │ ├───Audio
│ │ │ │ ├───Materials
│ │ │ │ ├───Models
│ │ │ │ ├───Prefabs
│ │ │ │ ├───Scripts
│ │ │ │ └───Textures
│ │ │ └───Car
│ │ │ ├───Audio
│ │ │ ├───Materials
│ │ │ ├───Models
│ │ │ ├───Prefabs
│ │ │ ├───Scripts
│ │ │ ├───Shaders
│ │ │ └───Textures
│ │ └───StarSparrow
│ │ ├───Materials
│ │ ├───Meshes
│ │ ├───Prefabs
│ │ │ └───Examples
│ │ └───Textures
│ │ └───2K_Textures
│ ├───Audio
│ ├───Environment
│ ├───Materials
│ ├───Prefabs
│ ├───Scenes
│ │ └───Level 1
│ └───Scripts
├───Library
│ ├───APIUpdater
│ ├───Artifacts
│ ├───PackageCache
│ │ ├───com.unity.collab-proxy@1.2.16
│ │ │ ├───Documentation~
│ │ │ ├───Editor
│ │ │ │ ├───Collab
│ │ │ │ │ ├───Presenters
│ │ │ │ │ └───Views
│ │ │ │ └───Resources
│ │ │ │ └───Styles
│ │ │ └───Tests
│ │ │ └───Editor
│ │ ├───com.unity.ext.nunit@1.0.5
│ │ │ ├───Documentation~
│ │ │ └───net35
│ │ │ └───unity-custom
│ │ ├───com.unity.ide.rider@1.1.4
│ │ │ ├───Documentation~
│ │ │ └───Rider
│ │ │ └───Editor
│ │ │ ├───PostProcessors
│ │ │ ├───ProjectGeneration
│ │ │ ├───UnitTesting
│ │ │ └───Util
│ │ ├───com.unity.ide.vscode@1.2.3
│ │ │ ├───Documentation~
│ │ │ └───Editor
│ │ │ └───ProjectGeneration
│ │ ├───com.unity.test-framework@1.1.19
│ │ │ ├───Documentation~
│ │ │ │ └───images
│ │ │ ├───UnityEditor.TestRunner
│ │ │ │ ├───Api
│ │ │ │ ├───CommandLineParser
│ │ │ │ ├───CommandLineTest
│ │ │ │ ├───GUI
│ │ │ │ │ ├───TestListBuilder
│ │ │ │ │ ├───TestListTreeView
│ │ │ │ │ └───Views
│ │ │ │ ├───NUnitExtension
│ │ │ │ │ └───Attributes
│ │ │ │ ├───TestLaunchers
│ │ │ │ │ └───PlatformSetup
│ │ │ │ ├───TestRun
│ │ │ │ │ └───Tasks
│ │ │ │ ├───TestRunner
│ │ │ │ │ ├───Callbacks
│ │ │ │ │ ├───Messages
│ │ │ │ │ └───Utils
│ │ │ │ ├───TestSettings
│ │ │ │ └───UnityTestProtocol
│ │ │ └───UnityEngine.TestRunner
│ │ │ ├───Assertions
│ │ │ │ └───LogScope
│ │ │ ├───NUnitExtensions
│ │ │ │ ├───Attributes
│ │ │ │ ├───Commands
│ │ │ │ ├───Filters
│ │ │ │ └───Runner
│ │ │ ├───TestRunner
│ │ │ │ ├───Callbacks
│ │ │ │ ├───Messages
│ │ │ │ └───RemoteHelpers
│ │ │ └───Utils
│ │ │ ├───AssemblyProvider
│ │ │ └───MonoBehaviourTest
│ │ ├───com.unity.textmeshpro@2.1.1
│ │ │ ├───Documentation~
│ │ │ ├───Editor Resources
│ │ │ │ ├───Gizmos
│ │ │ │ ├───Shaders
│ │ │ │ └───Textures
│ │ │ ├───Package Resources
│ │ │ ├───Scripts
│ │ │ │ ├───Editor
│ │ │ │ └───Runtime
│ │ │ └───Tests
│ │ │ ├───Editor
│ │ │ └───Runtime
│ │ └───com.unity.timeline@1.2.17
│ │ ├───Documentation~
│ │ │ └───images
│ │ ├───Editor
│ │ │ ├───Actions
│ │ │ │ └───Menus
│ │ │ ├───Activation
│ │ │ ├───Analytics
│ │ │ ├───Animation
│ │ │ ├───Attributes
│ │ │ ├───Audio
│ │ │ ├───ControlTrack
│ │ │ ├───CustomEditors
│ │ │ ├───Extensions
│ │ │ ├───inspectors
│ │ │ │ ├───ClipInspector
│ │ │ │ └───CurvesOwner
│ │ │ ├───Items
│ │ │ ├───Manipulators
│ │ │ │ ├───AddDelete
│ │ │ │ ├───Cursors
│ │ │ │ ├───Move
│ │ │ │ ├───Sequence
│ │ │ │ ├───Trim
│ │ │ │ └───Utils
│ │ │ ├───Playables
│ │ │ ├───Properties
│ │ │ ├───Recording
│ │ │ ├───Signals
│ │ │ │ └───TreeView
│ │ │ ├───State
│ │ │ ├───StyleSheets
│ │ │ │ ├───Extensions
│ │ │ │ ├───Images
│ │ │ │ │ ├───DarkSkin
│ │ │ │ │ ├───Icons
│ │ │ │ │ ├───LightSkin
│ │ │ │ │ └───Shared
│ │ │ │ └───res
│ │ │ ├───treeview
│ │ │ │ ├───Drawers
│ │ │ │ │ └───Layers
│ │ │ │ ├───ItemGui
│ │ │ │ └───Snapping
│ │ │ ├───Utilities
│ │ │ └───Window
│ │ │ ├───Modes
│ │ │ └───ViewModel
│ │ └───Runtime
│ │ ├───Activation
│ │ ├───Animation
│ │ ├───AssetUpgrade
│ │ ├───Attributes
│ │ ├───Audio
│ │ ├───Control
│ │ ├───Evaluation
│ │ ├───Events
│ │ │ └───Signals
│ │ ├───Extensions
│ │ ├───Playables
│ │ ├───Properties
│ │ ├───Scripting
│ │ └───Utilities
│ ├───ScriptAssemblies
│ ├───ShaderCache
│ │ ├───0
│ │ ├───1
│ │ ├───2
│ │ ├───3
│ │ ├───4
│ │ ├───5
│ │ ├───6
│ │ ├───7
│ │ ├───8
│ │ ├───9
│ │ ├───a
│ │ ├───b
│ │ ├───c
│ │ ├───d
│ │ ├───e
│ │ └───f
│ ├───StateCache
│ │ ├───Hierarchy
│ │ ├───LayerSettings
│ │ └───SceneView
│ ├───TempArtifacts
│ │ ├───Extra
│ │ └───Primary
│ ├───TerrainTools
│ └───Timeline
├───Logs
├───obj
│ └───Debug
│ └───TempPE
├───Packages
└───ProjectSettings
Written on December 20, 2020